Dle § 148 odst. 2 daňového řádu se tento termín prodlužuje o rok v případě, že by v posledních 12 měsících před uplynutím této lhůty došlo k:
podání dodatečného daňového tvrzení nebo oznámení výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení, pokud tato výzva vedla k doměření daně, oznámení rozhodnutí o stanovení daně, zahájení řízení o mimořádném opravném nebo dozorčím prostředku, oznámení rozhodnutí ve věci opravného nebo dozorčího prostředku, nebo oznámení rozhodnutí o prohlášení nicotnosti rozhodnutí o stanovení daně.
Taktéž v případě, že by byla před uplynutím lhůty zahájena daňová kontrola na dani z příjmů právnických osob za období roku 2012, běží nová tříletá lhůta pro stanovení daně znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn.
Taktéž zákon o daních z příjmů stanovuje další možnosti prodloužení lhůty. V případě, že poplatníkovi byla vyměřena daňová ztráta, lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období, v němž daňová ztráta vznikla, tak i pro všechna zdaňovací období, za která lze tuto daňovou ztrátu nebo její část uplatnit, končí současně se lhůtou pro stanovení daně za poslední zdaňovací období, za které lze daňovou ztrátu nebo její část uplatnit (§ 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů). To znamená, že v případě, kdy by byla vyměřena daňová ztráta za rok 2016, tak tuto ztrátu lze uplatnit nejdéle 5 zdaňovacích období, tj. naposledy v roce 2021. S odkazem na § 148 odst. 1 daňového řádu je poslední lhůta, kdy lze stanovit daň za rok 2016, v závislosti na termínu podání daňového přiznání za toto období buď 1. 4. 2025 nebo 1. 7. 2025. A tyto termíny tak jsou i nejzazšími termíny pro stanovení daně.
Obdobně to platí i pro poplatníky, kteří jsou příjemci investičních pobídek. Taktéž u nich se posunuje lhůta pro stanovení daně za všechna období, kdy mohou uplatnit slevu na dani, až do lhůty pro stanovení daně za zdaňovací období, ve kterém uplynula lhůta pro uplatnění nároku na slevu na dani.
A i v případě posunutí lhůt pro vyměření dle zákona o daních z příjmů mohou být tyto lhůty dále prodlouženy, pokud ještě před jejich uplynutím byla zahájená daňová kontrola. Ovšem lhůtu pro stanovení daně nelze prodlužovat až do nekonečna, § 148 odst. 5 daňového řádu stanoví, že lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku.
Z těchto pragmatických důvodů bychom obecně doporučili uchovávat dokumenty 10 let.
Další oblastí je uplatnění odpisů a jejich prokázání před správcem daně. U 6. odpisové skupiny dle § 30 ZDP je možné odpisy použít 50 let, tzn., že po celou dobu evidence majetku v účetnictví je potřeba prokázat vstupní cenu odepisovaného majetku.
